千年发展目标6：与艾滋病毒/艾滋病、疟疾和其他疾病作斗争
具体目标6A：到2015年遏制并开始扭转艾滋病毒/艾滋病的蔓延。
具体目标6B：到2010年向所有需要者普遍提供艾滋病病毒/艾滋病治疗。
到2009年底，有3330万人携带艾滋病毒。同年，大约260万人新近感染艾滋病毒，180万人死于艾滋病，其中包括26万儿童。在所有携带艾滋病毒的人中，68%在撒哈拉以南非洲，那里估计有1060万人需获得抗逆转录病毒治疗。
世卫组织正在与各国共同努力：
- 防止人群感染艾滋病毒——帮助改变人们的行为，以降低艾滋病毒风险；促进获取预防疾病的商品；支持预防母婴传播艾滋病毒规划；促进安全血液供应和预防卫生保健环境中艾滋病毒传播；评估新的预防技术；
- 扩大提供治疗；
- 为感染艾滋病毒者/艾滋病患者及其家人提供最佳护理；
- 扩大获取和使用艾滋病毒检测和咨询，使人们能够了解自己的艾滋病毒状况；
- 加强卫生保健系统，提供优质和可持续的艾滋病毒/艾滋病规划和服务；
- 改进艾滋病毒/艾滋病信息系统，包括艾滋病毒监测、监督和评价，以及业务研究。
具体目标6C：到2015年遏制并开始扭转疟疾和其他主要疾病发病率增长。
疟疾
每年有近100万人被疟疾夺走生命，其中大多数是非洲五岁以下儿童。事实上，平均每30秒就有1名非洲儿童因蚊虫叮咬导致的疟疾感染而死亡。
世卫组织敦促实施三项主要战略来预防疟疾：
- 采用长效杀虫蚊帐；
- 采用室内残留喷洒；
- 迅速使用有效的抗疟疾药物进行治疗。
世卫组织还建议特别关注孕妇和幼儿预防问题。世卫组织的目标，也是遏制疟疾伙伴关系的目标，是到2010年将疟疾减半，以期到2015年实现千年发展目标具体目标8。
结核病
2009年结核病新发病例估计为940万，死亡人数估计为170万（其中包括38万携带艾滋病毒的患者），使这一疾病称为世界最大杀手之一。
全球发病率现在趋于稳定，除非洲和欧洲以外，世界所有地区在实现到2015年达到千年发展目标将结核病流行率和死亡人数减半的具体目标方面均已步入正轨。
世卫组织与遏制结核病伙伴关系合作，通过实施遏制结核病战略，共同致力于防治这一流行病。这项六点战略致力于：
- 开展高质量DOTS推广和强化工作；
- 应对结核病/艾滋病毒、耐多药结核病以及贫困和脆弱人群的需求；
- 基于初级卫生保健，促进加强卫生系统；
- 使所有保健提供者参与；
- 通过伙伴关系提高结核病患者和社区的能力；
- 实施和促进研究。