SRAS : Utilisation des tests diagnostics de laboratoire
le 29 avril 2003
Les chercheurs de plusieurs pays s'efforcent actuellement de mettre au point des tests diagnostics de laboratoire rapides et efficaces pour le coronavirus du SRAS (SRAS-CoV). En attendant la mise au point de réactifs standardisés pour la mise en évidence du virus et des anticorps correspondants, ainsi que la confirmation appropriée de méthodes d'identification sur le terrain, le diagnostic du SRAS devra rester fondé sur les données cliniques et épidémiologiques : maladie aiguë fébrile avec symptômes respiratoires qui ne sont pas attribués à une autre cause et anamnèse d'exposition à un cas de SRAS présumé ou probable ou aux sécrétions respiratoires/liquides corporels en provenance d'un tel cas. Ces critères reflètent WHO case definitions for suspect or probable SARS. Plusieurs pays (Allemagne, Canada, États-Unis d'Amérique du Nord, France, RAS de Hong Kong (Chine), Japon, Pays-Bas, Royaume-Uni) procèdent actuellement à des tests de mise en évidence pour le SRAS-CoV sur des échantillons en provenance de cas présumés ou probables de SRAS.
Les critères de confirmation ou d'infirmation du diagnostic de SRAS par les tests de laboratoire doivent encore être définis.
1 Tests moléculaires (réaction de polymérisation en chaîne ; amplification génique par action d'une polymérase, PCR)
Cette réaction (appelée ici PCR) peut détecter du matériel génique du SRAS-CoV à partir de divers échantillons (sang, selles, sécrétions respiratoires, tissus Prélèvement d'échantillons pour tests diagnostiques du SRAS. Les laboratoires du réseau OMS ont mis les amorces d'information génique, éléments essentiels de la PCR, à la disposition de tous sur le site Web de l'OMS et l'on dispose d'un kit PCR contenant des amorces d'information génique ainsi que des témoins négatifs et des témoins positifs. Les essais de ce kit par les membres du réseau devront rapidement permettre d'obtenir les données nécessaires à une évaluation de performance par rapport aux amorces d'information préparées par d'autres laboratoires de réseaux OMS en corrélation avec les données cliniques et épidémiologiques. Pour l'essentiel, les tests PCR sont très spécifiques mais relativement peu sensibles, ce qui veut dire qu'un test négatif n'exclut pas la présence du virus chez le ou la malade. Par ailleurs, la contamination des prélèvements peut, en l'absence de contrôle de la qualité, conduire à des résultats faussement positifs.
Les résultats positifs du PCR, pour autant que les procédures de contrôle de la qualité soient en place, Prélèvement d'échantillons pour tests diagnostiques du SRAS, indiquent de façon très spécifique la présence de matériel génique (ARN) du SRAS-CoV dans le prélèvement. Cela ne veut pas dire que le virus vivant est présent ou présent en quantité suffisante pour qu'une autre personne puisse être infectée.
Les résultats négatifs du PCR ne permettent pas d'exclure la présence du SRAS. La PCR pour SRAS-CoV peut donner des résultats négatifs pour les raisons suivantes
- Le ou la malade ne présente pas d'infection au coronavirus SRAS ; la maladie est due à un autre agent infectieux (virus, bactérie, champignon) ou est d'origine non-infectieuse.
- Les résultats du test sont faux (“faux-négatifs”). Il faut encore améliorer la sensibilité des tests existants.
- Les prélèvements n'ont pas été recueillis au moment où le virus ou son matériel génique était présent — ces éléments peuvent n'être présents que pendant une courte période selon le type de prélèvement analysé.
2 Tests basés sur la présence d'anticorps
- ELISA (Enzyme Linked ImmunoSorbant Assay/méthode immuno-enzymatique en phase solide, technique du titrage immuno-enzymatique) : qui détecte un mélange d'anticorps IgM et IgG donne des résultats positifs fiables dès le 21e jour qui suit le début de la maladie.
- IFA (Immunofluorescence), un test qui détecte les anticorps IgM dans le sérum des malades du SRAS, donne des résultats positifs aux environs du 10e jour qui suit le début de la maladie. On utilise aussi ce type de test pour la détection des IgG. Ce test fiable implique le recours à du virus SRAS fixé et à un microscope à immunofluorescence.
Ces tests identifient les anticorps produits en réaction à l'infection au coronavirus SRAS. Il peut apparaître plusieurs types d'anticorps (IgM et IgG) dont la teneur augmente au cours de l'infection. Ces anticorps peuvent être indécelables aux stades précoces de l'infection. Les IgG restent d'habitude décelables après la fin de la maladie.
Les modèles suivants, en cours d'élaboration, ne sont pas encore commercialisés
Les résultats positifs pour les tests basés sur la présence d'anticorps signalent une infection préalable au SRAS-CoV. Une séroconversion (de négatif à positif) ou le quadruplement du titre des anticorps entre un sérum de phase aiguë et un sérum de convalescence signale une infection récente.
Les résultats négatifs pour les tests basés sur la présence d'anticorps: L'absence de détection d'anticorps après 21 jours depuis l'installation de la maladie semblerait indiquer qu'il n'y a pas eu d'infection par le SRAS-CoV.
3 Cultures de cellules
On peut aussi détecter la présence de virus dans les prélèvements effectués chez des malades soupçonnés de présenter un SRAS (p. ex. sécrétions respiratoires, sang, selles) en inoculant des cultures de cellules pour faire pousser le virus. Une fois isolé, le virus ainsi cultivé doit être identifié comme le virus du SRAS grâce à d'autres tests. Les cultures de cellules constituent un test très exigeant mais (à l'exception des tests chez l'animal), elles représentent la seule possibilité de conclure à l'existence d'un virus vivant.
Des tests positifs en culture de cellules signalent la présence de SRAS-CoV vivant dans le prélèvement examiné.
Des tests négatifs en culture de cellules ne permettent pas d'exclure un SRAS (voir résultats négatifs du PCR)